ISSN 1004-6879

CN 13-1154/R

 
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基于生物信息学分析miR-125b-5p在肺腺癌中的表达及预后价值
郭娜, 徐颖, 李祥伶, 王鹏, 李琳, 许倩, 刘镭
摘要144)      PDF (2236KB)(35)   
目的 应用生物信息学方法分析miR-125b-5p在肺腺癌(LUAD)中的表达,预测其靶基因及预后价值。 方法 选取GEO数据库中LUAD顺铂耐药组织和细胞芯片,应用R软件筛选差异表达miRNA。应用miRBase数据库进行保守性分析,并采用dbDEMC3.0数据库进行表达水平分析。利用TargetScan、miRDB、miRTarBase数据库预测靶基因,并运用DAVID在线网站对靶基因进行功能富集分析。联合TCGA数据库LUAD患者生存信息,进行预后分析。实时荧光定量PCR技术检测miR-125b-5p在人正常支气管上皮细胞系16HBE、LUAD细胞系A549以及顺铂耐药细胞系A549/DDP中的表达水平。 结果 分析芯片数据获得LUAD顺铂耐药相关miR-125b-5p,其具有高度保守性,并在LUAD中显著下调。预测到的54个靶基因主要富集在调节基因表达、细胞大分子生物合成等过程,以及MicroRNAs in cancer、Protein processing in endoplasmic reticulum、HIF-1 signaling pathway等通路。Kaplan-Meier生存分析结果提示,miR-125b-5p低表达与肺腺癌患者预后不良相关。qRT-PCR结果显示,miR-125b-5p在A549细胞中表达水平显著低于16HBE(P=0.008);与亲本细胞相比,在耐药细胞A549/DDP中表达水平明显下降(P=0.023)。 结论 miR-125b-5p在肺腺癌中表达异常,且其靶基因参与调控多个生物学过程及信号通路,可能是肺腺癌预后的生物标志物。
2022, 39 (5): 365-370.